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FAQ – Coccidiose et digestion chez les chèvres et moutons : tout ce qu’il faut savoir
Chèvres et moutons / 15 oct. 2026

FAQ – Coccidiose et digestion chez les chèvres et moutons : tout ce qu’il faut savoir

Chèvres et moutons · Coccidiose et digestion

Chevreau qui se vide, agneau qui ne pousse plus, crottes en galette au lieu de billes : la coccidiose et les déséquilibres digestifs sont les premiers soucis des éleveurs de petits ruminants. Ce guide répond aux questions qu'on nous pose le plus : comment la maladie se transmet, comment la distinguer d'un simple trouble digestif et comment organiser la prévention au quotidien, avec l'appui des plantes.

  • Jeunes de 3 semaines à 5 mois
  • Auges propres et litière sèche
  • Coproscopie au moindre doute
  • Plantes en soutien digestif

01

La coccidiose, une maladie des jeunes

La coccidiose est due à des protozoaires microscopiques du genre Eimeria, qui se multiplient dans les cellules de la paroi de l'intestin. Ce ne sont pas des vers : on ne les voit pas à l'œil nu et les vermifuges n'agissent pas sur eux.

Presque tous les troupeaux en hébergent. Les adultes, immunisés, les portent sans signes, mais rejettent des oocystes (les formes de dissémination du parasite) dans leurs crottes, surtout autour de la mise bas. Les jeunes n'ont pas encore cette immunité : c'est chez eux que la maladie s'exprime, en général entre 3 semaines et 4 à 5 mois, avec un pic autour du sevrage.

Chaque espèce de coccidie est propre à son hôte : celles de la chèvre ne contaminent pas le mouton, et inversement. Dans un troupeau mixte, les deux espèces peuvent pourtant être touchées en même temps, car les conditions qui favorisent la maladie sont les mêmes.

Chèvre, brebis et jeune agneau au pré devant une bergerie en pierre

Chez la chèvre

Une dizaine d'espèces d'Eimeria sont décrites. Les plus pathogènes pour le chevreau sont E. ninakohlyakimovae, E. arloingi et E. christenseni. Les chevreaux élevés en bâtiment, en lots denses, sont les plus exposés.

Chez le mouton

Chez l'agneau, E. ovinoidalis et E. crandallis sont les plus redoutées. Elles s'attaquent à la fin de l'intestin grêle, au cæcum et au côlon, d'où des diarrhées parfois sanglantes.

02

Comment les jeunes se contaminent

La coccidiose ne tombe pas du ciel : c'est une maladie de la pression d'infestation. Plus il y a d'oocystes dans la litière, les auges et les abreuvoirs, plus les jeunes en avalent, et plus la maladie est forte. Le cycle tient en quatre étapes.

  1. Excrétion

    Les animaux porteurs rejettent des oocystes dans leurs crottes. Un seul jeune malade en libère des millions chaque jour.

  2. Maturation

    Dans une litière chaude et humide, l'oocyste devient infestant (il sporule) en 2 à 4 jours.

  3. Ingestion

    Le jeune l'avale en léchant une litière souillée, une tétine, un seau, ou en mangeant du foin tombé au sol.

  4. Multiplication

    Les coccidies se multiplient dans l'intestin et détruisent sa muqueuse. Les signes apparaissent environ 2 à 3 semaines après la contamination.

Des oocystes très résistants

Ils survivent plusieurs mois dans une bergerie, supportent le froid et résistent à la plupart des désinfectants courants. Ils craignent en revanche la sécheresse et la chaleur : curage complet, nettoyage à l'eau très chaude ou à la vapeur, puis séchage du bâtiment sont vos meilleures armes.

Les périodes à risque

  • Le sevrage, surtout s'il est brutal ou combiné à un changement de bâtiment.
  • Le regroupement de jeunes d'âges différents dans le même lot.
  • Le transport, l'achat d'animaux, l'allotement.
  • Un changement brusque d'alimentation.
  • La fin d'hiver : litière humide, densité élevée, bâtiment peu ventilé.
  • La mise à l'herbe sur les parcelles proches de la bergerie, très fréquentées.

03

Trouble digestif ou coccidiose : faire la différence

Une crotte normale de chèvre ou de mouton, ce sont des billes fermes, sèches et bien séparées. Dès qu'elles se collent en grappe, s'aplatissent en galette ou deviennent liquides, quelque chose ne va pas. Reste à savoir quoi.

Ce que vous observezCe que cela peut évoquer
Crottes en grappe ou en galette, animal en formeChangement d'alimentation, herbe jeune très riche en eau, excès de concentré.
Diarrhée liquide chez un jeune de 3 semaines à 5 mois, arrière-train souillé, poil piquéCoccidiose probable, à confirmer par une coproscopie.
Diarrhée avec sang ou glaires, efforts répétés pour déféquerCoccidiose sévère.
Diarrhée chez un nouveau-né de moins de 3 semainesPlutôt cryptosporidiose ou colibacillose : les coccidies n'ont pas encore eu le temps de se multiplier.
Croissance ralentie sans diarrhée francheForme discrète de coccidiose, strongles digestifs ou ration insuffisante.
Flanc gauche gonflé, l'animal ne rumine plusMétéorisation : urgence.
Mort brutale d'un jeune bien nourriEntérotoxémie possible : réflexion sur la vaccination.

Confirmer par une coproscopie

La coproscopie compte les oocystes par gramme de crottes et identifie les espèces présentes. Un chiffre élevé ne suffit pas à lui seul, car certaines espèces sont peu pathogènes : c'est l'association des signes et du résultat qui pose le diagnostic. Prélevez des crottes fraîches sur plusieurs jeunes du lot et portez-les au vétérinaire ou au laboratoire dans les 24 à 48 heures, au frais.

Le traitement vétérinaire de la coccidiose

La coccidiose se soigne avec un anticoccidien prescrit par le vétérinaire et une réhydratation : chez le jeune, la déshydratation peut tuer en quelques jours.

04

Comprendre la digestion du ruminant

La chèvre et le mouton sont des ruminants : leur estomac compte quatre compartiments. Le chevreau et l'agneau naissent pourtant avec une panse qui ne fonctionne pas encore. Le lait file directement dans la caillette par la gouttière œsophagienne. La panse se développe quand le jeune commence à grignoter du foin, dès 2 à 3 semaines, et devient fonctionnelle vers 2 à 3 mois. Le sevrage est donc un vrai bouleversement digestif, au moment même où la pression coccidienne est la plus forte.

La panse (rumen)

Une cuve de fermentation où des milliards de bactéries, de protozoaires et de champignons digèrent la cellulose et fabriquent les acides gras volatils, première source d'énergie du ruminant.

Le réseau

Il brasse le contenu de la panse et renvoie les bouchées vers la bouche pour la rumination. Il retient aussi les corps étrangers.

Le feuillet

Ses lames absorbent l'eau et les minéraux et trient les particules : seules les plus fines passent plus loin.

La caillette

L'estomac « vrai », acide, comme le nôtre. Chez le jeune, c'est lui qui digère le lait ; chez l'adulte, il digère les protéines microbiennes venues de la panse.

Ce qui déséquilibre la flore

  • Un excès de céréales, de pain ou de concentré : la panse s'acidifie, c'est l'acidose.
  • Un changement brutal de ration : la flore a besoin de 2 à 3 semaines pour s'adapter.
  • Une herbe jeune très riche au printemps, sans foin pour équilibrer.
  • Le manque de fibres longues : moins de rumination, moins de salive, donc moins de tampon.
  • Le stress, les antibiotiques, une eau sale ou insuffisante.

Pourquoi c'est lié à la coccidiose

Une flore déséquilibrée fragilise la muqueuse intestinale et la rend plus vulnérable aux coccidies. Inversement, la coccidiose abîme l'intestin et perturbe durablement la digestion. Soigner l'alimentation, c'est donc aussi prévenir. Pour aller plus loin, voyez notre guide sur la flore intestinale des chèvres et moutons et celui sur les fibres dans la ration.

05

Prévenir au quotidien : les gestes qui comptent

Il est impossible d'éliminer totalement les coccidies d'un élevage. L'objectif est de garder la pression assez basse pour que les jeunes s'immunisent progressivement, sans tomber malades.

Une litière sèche

Paillez chaque jour, abondamment, et curez régulièrement. Une litière humide et chaude est une couveuse à oocystes. Surveillez en priorité les coins près des abreuvoirs.

Des auges hors d'atteinte des crottes

Râteliers et auges surélevés, conçus pour que les jeunes ne puissent pas monter dedans. Le foin tombé au sol, souillé, ne se redonne pas.

Des abreuvoirs propres

Nettoyés chaque jour, placés en hauteur, loin de la litière. Les seaux et tétines des jeunes au biberon se lavent après chaque repas.

Des lots par âge

Ne mélangez pas des jeunes d'âges très différents : les plus vieux contaminent les plus jeunes. Préférez de petits lots homogènes.

Le colostrum

Le plus tôt possible, dans les toutes premières heures de vie. Un jeune bien colostré résiste mieux à toutes les diarrhées néonatales.

Un sevrage en douceur

Progressif, sur un poids plutôt qu'un âge, et jamais le même jour qu'un transport ou un changement de bâtiment. Foin de qualité à volonté.

Le conseil de l'éleveur

Au pâturage, évitez de mettre les jeunes sur la parcelle « parking » collée à la bergerie, où les adultes passent toute l'année. Faites tourner les parcelles et gardez les plus saines pour les lots sevrés.

06

Coxi Cap : les plantes en soutien digestif

Coxi Cap est un aliment complémentaire à base de plantes conçu pour les chèvres, les moutons, les chevreaux et les agneaux. Il accompagne l'équilibre digestif dans les périodes où la pression coccidienne est la plus forte : sevrage, stress, transport, premiers signes de selles molles. Sa formule réunit quatre plantes.

Thym

Riche en thymol et en carvacrol, il est traditionnellement utilisé pour l'hygiène digestive des animaux d'élevage.

Salicaire

Plante riche en tanins, traditionnellement employée pour son action astringente lorsque les selles se ramollissent.

Verge d'or

Ses flavonoïdes et ses saponines en font une plante traditionnelle de soutien des fonctions d'élimination.

Busserole (uva ursi)

Ses feuilles, riches en tanins et en arbutine, complètent l'effet astringent de la formule.

Quand et comment le donner

SituationDoseDurée
Prévention autour du sevrage20 g par jour5 jours
Selles molles, diarrhée suspectée40 g par jour6 jours
Stress, transport, allotement20 à 40 g par jour3 à 5 jours

Le mode d'administration et l'ajustement au gabarit de l'animal sont précisés sur la fiche produit. Commencez la cure de prévention quelques jours avant le sevrage plutôt qu'après les premiers signes.

Coxi Cap et vermifuge : deux usages différents

Les coccidies ne sont pas des vers. Coxi Cap accompagne l'équilibre digestif face aux coccidies ; contre les strongles et les autres vers digestifs, c'est Vermi Cap qui prend le relais : 100 g par chèvre naine et 150 g par animal de grande race, en une prise ou sur 5 jours (20 g par jour pour une chèvre naine, 30 g par jour pour une grande race). Notre guide de la vermifugation explique comment organiser les deux sur l'année.

Bon à savoir

Aliment complémentaire, Coxi Cap ne demande aucun délai d'attente pour le lait ni pour la viande. Il peut être utilisé chez les femelles gestantes ou allaitantes et se combine avec une prise en charge vétérinaire. Conservez-le au sec, au frais et à l'abri de la lumière, sachet bien refermé.

07

Questions fréquentes sur la coccidiose et la digestion

La coccidiose de la chèvre peut-elle contaminer le mouton ?

Non. Chaque espèce de coccidie est propre à son hôte : celles de la chèvre ne se développent pas chez le mouton, et inversement. Dans un troupeau mixte, les deux espèces peuvent toutefois être touchées en même temps, car l'humidité, la densité et le stress favorisent la maladie chez les deux.

À quel âge les chevreaux et les agneaux sont-ils le plus exposés ?

Entre 3 semaines et 4 à 5 mois, avec un pic autour du sevrage. Avant 3 semaines, une diarrhée évoque plutôt une cryptosporidiose ou une colibacillose ; les adultes, immunisés, sont porteurs sains.

Un vermifuge suffit-il contre la coccidiose ?

Non. Les coccidies sont des protozoaires, pas des vers : les vermifuges n'agissent pas sur elles. La maladie déclarée se soigne avec un anticoccidien prescrit par le vétérinaire. En prévention, l'hygiène et une alimentation stable restent la base, et Coxi Cap peut accompagner l'équilibre digestif dans les périodes à risque.

À quoi ressemble une crotte normale de chèvre ou de mouton ?

À des billes fermes, sèches et bien séparées. Des crottes collées en grappe ou en galette signalent un déséquilibre digestif ; une diarrhée liquide chez un jeune doit faire penser à la coccidiose et mérite une coproscopie.

Comment donner Coxi Cap autour du sevrage ?

À raison de 20 g par jour pendant 5 jours, en commençant quelques jours avant le sevrage. En cas de selles molles, la dose passe à 40 g par jour pendant 6 jours. Le mode d'administration figure sur la fiche produit.

Coxi Cap est-il utilisable en élevage biologique ?

Oui. Coxi Cap est utilisable en agriculture biologique : c'est un aliment complémentaire à base de plantes, sans délai d'attente pour le lait ni pour la viande. Notez chaque cure dans votre registre d'élevage.

Sullivan, éleveur depuis 20 ans et fondateur de Diatosphère

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